Mentre alla fine degli anni Novanta e all'inizio degli anni Duemila armasuisse ha perseguito la protezione dei marchi principalmente come integrazione e supporto all'azienda Victorinox per il marchio «Swiss Army», considerevoli investimenti sono stati fatti nel frattempo anche a protezione dei marchi «Swiss Military» e «Swiss Air Force». Per la tutela dei marchi va osservato il principio di specialità, secondo il quale un nome di prodotto non può essere protetto in generale, ma solo per prodotti e servizi molto specifici. Nel caso di una tutela dei marchi estesa e a largo raggio, come nel caso dei marchi militari della Confederazione, è necessario proteggere un numero altrettanto elevato di categorie di prodotti (classi secondo la classificazione internazionale di Nizza)

armasuisse supporta i licenziatari nel far valere i loro diritti di marchio. L'obiettivo principale è la difesa contro la pirateria dei marchi da parte di aziende per lo più straniere che non rispettano le norme di «Swissness». Anche in Svizzera i marchi militari possono essere utilizzati solo con l'autorizzazione di armasuisse, la quale è libera di decidere se un caso debba essere sottoposto a indagini e perseguito. I criteri sono in particolare:

• l'importanza strategica della difesa del marchio in un caso concreto;
• le prospettive di successo di eventuali controversie;
• i mezzi finanziari necessari per pagare le spese legali.

Con tre decisioni di principio (Swiss Army – B-3553/2007 del 26.08.2008; Swiss Army – B-6372/2010 del 31.01.2011; Swiss Army – B 850/2016 del 22.01.2018), il Tribunale amministrativo federale ha riconosciuto uno status speciale ai marchi militari della Confederazione, qualificandoli come segni ufficiali ai sensi dell'art. 6 della legge sulla protezione degli stemmi. Questo significa che nessuno in Svizzera può utilizzare un simbolo identico o confondibile con i marchi militari senza l'autorizzazione di armasuisse. La tutela come segno ufficiale rafforza la protezione ai sensi del diritto dei marchi.